Une nouvelle variante du Sras-CoV-2 s'est propagée en Europe durant l'été 2020

Rien qu'en Europe, des centaines de variantes du nouveau coronavirus Sars-CoV-2 sont actuellement en circulation, toutes se distinguant les unes des autres par de petites mutations dans leur patrimoine génétique. Seules quelques-unes de ces variantes se sont propagées avec autant de succès et sont devenues aussi prévalentes que la nouvelle, qui a re?u la désignation 20A.EU1.

Des chercheurs de l'Université de B?le, du Département des systèmes biologiques de l'ETH Zurich à B?le et du consortium SeqCOVID-Spain ont analysé et comparé des séquences de génomes viraux de patients atteints de Covid-19 dans toute l'Europe afin de retracer l'évolution et la propagation de l'agent pathogène. Leur analyse suggère que 20A.EU1 est apparu pour la première fois en Espagne au cours de l'été. Les premières preuves de la nouvelle variante sont liées à un événement de super-écarteur parmi les travailleurs agricoles dans le nord-est de l'Espagne. 20A.EU1 a ensuite atteint la population locale, s'est rapidement propagé dans tout le pays et représente aujourd'hui près de 80% des séquences virales en Espagne.

"Il est important de noter qu'à l'heure actuelle, rien n'indique que la propagation de la nouvelle variante soit due à une mutation qui augmenterait la transmission ou influencerait l'évolution de la maladie", souligne Emma Hodcroft de l'Université de B?le, premier auteur de l'étude. Les chercheurs supposent que la propagation de la variante a été facilitée par l'assouplissement des restrictions de voyage et des mesures de distanciation sociale en été.

Un schéma similaire à celui du printemps

"Pour cette variante en Espagne, nous observons un schéma similaire à celui du printemps", explique I?aki Comas, professeur à l'Instituto de Biomedicina de Valence, coauteur de l'étude et responsable du consortium SeqCOVID-Spain. "Une variante du virus qui re?oit une impulsion par un événement initial de super-écarteur peut rapidement s'imposer dans tout le pays".

Depuis juillet, 20A.EU1 a continué à se propager avec les voyageurs lorsque les frontières se sont ouvertes dans toute l'Europe. La variante a maintenant été détectée dans douze pays européens ainsi qu'à Hong Kong et en Nouvelle-Zélande. Alors que la transmission initiale du variant à de nouveaux pays a probablement eu lieu directement depuis l'Espagne, il est possible que 20A.EU1 ait ensuite continué à se propager depuis des pays secondaires.

Actuellement, 90% des séquences du Royaume-Uni, 60% des séquences d'Irlande et entre 30 et 40% des séquences de Suisse et des Pays-Bas correspondent à la nouvelle variante 20A.EU1. Cette variante est donc actuellement l'une des plus répandues en Europe. Elle a également été identifiée en Belgique, en Allemagne, en France, en Italie, en Lettonie, en Norvège et en Suède.

Les voyages ont favorisé la propagation

Les analyses génétiques indiquent que la variante a effectué au moins des dizaines et peut-être des centaines de voyages entre les pays européens. "Nous pouvons voir que le virus a été introduit à plusieurs reprises dans plusieurs pays, et que beaucoup de ces virus 20A.EU1 introduits se sont ensuite répandus dans la population", explique la professeure de l'ETH Tanja Stadler, l'une des chercheuses principales de l'étude.

Bien que l'augmentation de la prévalence de 20A.EU1 soit parallèle à l'augmentation du nombre de cas dans de nombreux pays européens cet automne, les auteurs de l'étude mettent en garde contre l'interprétation de la nouvelle variante comme cause de l'augmentation des cas. "Ce n'est pas la seule variante qui a circulé ces dernières semaines et ces derniers mois", explique Richard Neher, professeur à l'université de B?le, également l'un des principaux chercheurs à l'origine de l'étude. "En fait, dans certains pays où les cas de Covid-19 ont augmenté de manière significative, d'autres variantes dominent".

L'analyse de la prévalence estivale du Sras-CoV-2 en Espagne et des données sur les voyages montre que ces facteurs peuvent expliquer comment 20A.EU1 s'est propagé avec autant de succès. Le nombre relativement élevé de cas en Espagne et sa popularité en tant que destination de vacances ont permis un grand nombre de transmissions vers de nouveaux pays, dont certaines pourraient s'être transformées en épidémies plus importantes en raison du comportement à risque des personnes infectées à leur retour.

Les auteurs de l'étude recommandent d'évaluer l'efficacité des contr?les aux frontières et des restrictions de voyage pour endiguer le Sras-CoV-2 pendant l'été. "Les fermetures de frontières à long terme et les restrictions strictes des déplacements ne sont ni réalisables ni souhaitables", explique Hodcroft, "mais au vu de la propagation du 20A.EU1, il semble clair que les mesures prises n'ont souvent pas suffi à stopper la propagation de la nouvelle variante. Après avoir travaillé dur pour ramener le nombre d'infections par le Sras-CoV-2 à un niveau bas, les pays doivent trouver de meilleurs moyens de 's'ouvrir' sans risquer une augmentation des cas".

Analyse plus poussée de la nouvelle variante

La variante 20A.EU1 a été identifiée pour la première fois par Hodcroft lors d'une analyse de séquences suisses avec la plateforme Nextstrain, développée conjointement par l'Université de B?le et le Fred Hutchinson Cancer Research Center à Seattle, Washington. 20A.EU1 est caractérisé par des mutations qui modifient les acides aminés dans les protéines spike, nucléocapside et ORF14 du virus.