Une microbiologiste pour les "bébés-écriture".

Lors de notre entretien par Skype fin avril, Vanesa Rocha Martin est assise devant son ordinateur portable et aspire un thé maté à l'aide d'un tube à boire en métal, la bombilla. Elle aussi travaille à domicile à cause de COVID-19 et ne peut pas poursuivre ses recherches en laboratoire. Mais cela ne l'inquiète pas particulièrement : "Je pars du principe que je pourrai bient?t retourner au laboratoire de manière isolée. Dans ce cas, les retards dans la mise en place de notre start-up seront également limités".

Cette biotechnologue de 32 ans est l'une des douze jeunes chercheurs qui, dans le cadre d'un "Pioneer Fellowship", développent leurs connaissances scientifiques à l'ETH pour en faire un produit commercialisable. L'idée de Rocha Martin est un traitement contre la colique du troisième mois chez les nouveau-nés. Environ 20 pour cent des nourrissons en sont atteints.

Au cours des trois premiers mois de leur vie, les nourrissons concernés pleurent plus de trois heures, au moins trois jours par semaine. Une charge énorme pour les bébés et les parents. Il n'existe à ce jour aucun traitement dont l'efficacité soit scientifiquement reconnue. Les gastro-entérologues sont généralement désemparés. Rocha Martin veut changer cela - avec des bactéries naturelles ; semblables à celles qui sont déjà présentes dans l'intestin humain.

Vétérinaire pour sa propre ferme

Rocha Martin est à l'origine vétérinaire. Elle a découvert son domaine de recherche actuel par une série de hasards. Elle a grandi à Bahia Blanca, une ville portuaire sur l'Atlantique sud, à 650 kilomètres au sud de Buenos Aires. Son père était boulanger, sa mère était issue d'une famille de paysans. Lorsque le grand-père est décédé, l'héritage de la ferme a permis à la famille de devenir du jour au lendemain propriétaire d'une exploitation agricole de 300 vaches.

Avec l'idée de soutenir sa famille à la ferme, la jeune femme a opté pour des études de médecine vétérinaire après le lycée. Mais à son grand étonnement, elle y a appris presque autant de choses sur le corps humain que sur les animaux. "Les livres de médecine vétérinaire disponibles en Argentine étaient obsolètes. Elle ne pouvait pas savoir à l'époque que ce détour inhabituel lui servirait plus tard.

Lors de son premier cours de microbiologie, elle a fait une découverte qui allait être déterminante pour la suite de son parcours : L'intestin humain est peuplé d'innombrables microbes qui sont essentiels à notre digestion et à notre santé. "C'était un peu comme si je découvrais un nouveau monde inconnu". Peu après, elle a appris par hasard l'existence d'une maladie fréquente qui entra?ne une insuffisance rénale chez les jeunes enfants. Elle est causée par la bactérie E.coli présente dans les animaux de boucherie.

Rocha Martin a identifié une opportunité de mettre ses connaissances au service de la santé publique. Elle a convaincu sa professeure qu'elle pouvait, à la fin de ses études de premier cycle, faire des recherches sur les liens entre les microbes intestinaux et cette maladie. Pour cela, elle a re?u sa première bourse de recherche d'un an.

Dès lors, elle a régulièrement apporté des échantillons de matières fécales de l'h?pital de sa ville natale, particulièrement touchée par la maladie, pour les faire analyser au laboratoire de l'université - sa première expérience de recherche clinique universitaire. Parallèlement, le moment était venu d'annoncer à sa famille qu'elle ne l'aiderait pas à s'occuper des animaux de la ferme, mais qu'elle voulait absolument devenir chercheuse.

Choc des cultures à Uppsala

La passion de Rocha Martin pour la recherche n'est pas passée inaper?ue à l'université. Un professeur a attiré son attention sur le programme d'études de l'UE "Erasmus Mundus". Huit cents étudiants ont posé leur candidature pour seize places. Elle a été choisie et six mois plus tard, elle se trouvait à Uppsala en Suède, à plus de 12 000 kilomètres de chez elle, sa valise prête.

Son arrivée en Suède a eu lieu en septembre, il faisait froid et il pleuvait. Elle vivait à la campagne, les études étaient répétitives au début et la plupart des Suédois étaient dépassés par son ouverture d'esprit et son tempérament. "Les premières semaines ont été terribles ; je voulais rentrer immédiatement en Argentine", se souvient la chercheuse.

Son salut est venu du fait que son professeur de Buenos Aires a pris un congé sabbatique dans la même université. Il a fait venir Rocha Martin comme assistante de recherche à la ferme du "Swedish Livestock Research Centre", où elle a aidé à prélever, traiter et analyser des échantillons de panses, de matières fécales et de lait pour des tests microbiologiques. "Même s'il s'agissait à nouveau d'animaux, j'ai découvert une méthode qui allait devenir très importante pour la suite de mes recherches", raconte-t-elle.

Avec le séquen?age de l'ADN, les microbiologistes avaient obtenu quelques années auparavant un outil leur permettant de détecter des microbes intestinaux qui étaient jusqu'alors inconnus. Pendant longtemps, la multiplication des microbes en laboratoire était la seule preuve. Mais tous ne pouvaient pas être cultivés sur des bo?tes de Pétri. L'Argentine a passé sa deuxième année de master au Danemark. A l'université de Copenhague, elle a travaillé sur un projet de recherche sur les interactions entre la forme physique, la structure musculaire et les microbes intestinaux chez les personnes ?gées.

Fascination pour la santé des nourrissons

Si Rocha Martin a ensuite cherché un poste de doctorat dans le domaine de la santé des nourrissons, c'est à nouveau pour des raisons biographiques : "J'ai deux frères et tous deux sont nettement plus jeunes que moi. J'ai vécu le miracle de leur naissance et de leur premier mois de vie de manière très consciente".

Aujourd'hui encore, elle trouve fascinante la manière dont un enfant re?oit tous les composants essentiels de la nourriture au cours de ses premiers mois, rien que par le lait maternel. A l'époque, elle nourrissait le souhait de faire des recherches sur la microbiologie intestinale des jeunes enfants. C'est un collègue danois avec lequel elle faisait de la randonnée qui l'a poussée à s'installer en Suisse. Elle lui en a parlé et il s'est avéré qu'une de ses amies faisait de la recherche dans le même domaine - au laboratoire de biotechnologie alimentaire de l'ETH Zurich.

Là-bas, le groupe du professeur Christophe Lacroix s'intéresse depuis des années à la microbiologie intestinale des nourrissons - notamment en ce qui concerne sa fonction dans les coliques de trois mois. Ses recherches suggèrent qu'un déséquilibre dans la composition des microbes intestinaux génère des flatulences douloureuses.

Rocha Martin a pu s'appuyer sur deux thèses de doctorat précédentes et a identifié des souches de bactéries qui devraient rétablir l'équilibre. Pour cela, elle a travaillé principalement avec deux modèles : une installation spéciale dans le laboratoire de Lacroix` pour simuler in vitro les processus naturels de la flore intestinale et des tests in vivo avec des rats de laboratoire.

"Je suis désormais convaincue que nous pouvons développer un traitement contre les coliques de trois mois à l'aide de probiotiques naturels, comme ceux utilisés dans les laiteries", explique Rocha Martin. Depuis le début de l'année, elle développe cette idée en collaboration avec les professeurs Lacroix et Christian Braegger de l'H?pital pédiatrique universitaire de Zurich.

Ils ont déjà déposé leurs premiers brevets et, à partir de 2022, les souches bactériennes les plus prometteuses devraient être testées dans le cadre d'études cliniques. Les chercheurs visent à moyen terme une application en tant qu'additif alimentaire et sous forme de gouttes. "Je pars du principe que d'ici cinq ans, nous pourrons introduire sur le marché un premier traitement dont l'efficacité a été prouvée".

La recherche contre le mal du pays

La jeune chercheuse se réjouit de faire un pas vers l'entrepreneuriat dans le cadre de son fellowship de 18 mois et avec sa start-up appelée "BactoKind". Elle s'investit beaucoup dans ce projet, dit-elle, car sa passion pour la recherche est aussi une consolation pour le fait qu'elle ne voit généralement sa famille à Bahia Blanca qu'à No?l.

Malgré l'éloignement de sa famille, elle souhaite rester à Zurich à long terme. Selon elle, les conditions pour ses recherches sont idéales à l'ETH. "De plus, j'adore les grands barbecues entre amis", raconte-t-elle. "Et à Zurich, il y a beaucoup de beaux endroits pour cela".