Gli inizi calcolati dell'epidemia di corona

Dall'inizio dell'attuale epidemia di coronavirus, scienziati e autorità hanno determinato l'impronta genetica di campioni di virus provenienti da numerosi Paesi colpiti. Chi siamo, le sequenze genetiche presenti nei coronavirus sotto forma di RNA, sono disponibili in database pubblici. Tanja Stadler, professoressa di biologia computazionale presso il Dipartimento biosistemi e ingegneria dell'ETH di Zurigo a Basilea ed esperta di epidemiologia molecolare, ha analizzato questi dati. Ha utilizzato un modello statistico sviluppato nel suo gruppo per analizzare l'albero genealogico degli agenti patogeni, ottenendo così nuove conoscenze sulle origini dell'epidemia in Cina.

Le analisi di Stadler suggeriscono che l'epidemia in Cina è iniziata nella prima metà di novembre 2019. La maggior parte delle stime precedenti ipotizzava che il virus fosse passato da un animale al primo essere umano solo nella seconda metà di novembre. "L'ipotesi diffusa che il primo essere umano sia stato infettato in un mercato animale a novembre è ancora plausibile", afferma l'ETH. "I nostri dati escludono molto probabilmente la possibilità che il virus fosse già in circolazione nell'uomo da molto tempo prima di questo momento".

Diffusione rapida prima della quarantena

Stadler ha anche analizzato le dinamiche dell'epidemia prima che la città di Wuhan fosse messa in quarantena il 23 gennaio 2020. Lo scienziato ha utilizzato i dati genetici per calcolare il numero di riproduzione di base del nuovo coronavirus. Questa cifra indica quante persone infettano in media una persona infetta. Secondo le stime di Stadler, è compreso tra 2 e 3,5 nel periodo in questione, confermando le stime precedenti, che si basavano sul numero di casi confermati di coronavirus e ipotizzavano una cifra compresa tra 2 e 4. Ciò significa che le infezioni si verificano molto più velocemente di quanto si pensi. Ciò significa che le infezioni si verificano molto più velocemente rispetto all'influenza stagionale (con un numero di riproduzione di base tipicamente inferiore a 1,5).

"Il numero di riproduzione di base è uno dei parametri chiave di un'epidemia", afferma Stadler. "Fornisce informazioni importanti sull'efficacia di misure come la quarantena. Solo se le misure di controllo sono in grado di ridurre questo numero saranno efficaci". Per lo scienziato sarebbe quindi interessante poter determinare questo numero durante la quarantena a Wuhan. Tuttavia, la situazione dei dati per questo periodo a Wuhan non è chiara, il che rende impossibile un'analisi affidabile al momento, afferma Stadler.

Calcolo del numero di casi non segnalati

I genomi dei virus cambiano continuamente. Sulla base di questi cambiamenti, Stadler ha ricostruito l'albero genealogico del virus. "Utilizzando metodi statistici, possiamo calcolare quante persone sono state infettate in qualsiasi momento del passato", spiega Stadler. L'analisi ha dimostrato che al 23 gennaio dovevano essere state infettate tra le 4.000 e le 19.000 persone. A quel punto, c'erano 581 casi confermati della malattia. Ciò significa che, nel caso più estremo, solo 1 persona infetta su 33 compariva nelle statistiche ufficiali e, nel caso migliore, 1 persona su 7.

Stadler sottolinea che esistono altri metodi oltre al suo per determinare i parametri epidemiologici. Tuttavia, il loro metodo, che analizza i genomi, ha il grande vantaggio di permettere di trarre conclusioni affidabili anche con dati provenienti da un numero relativamente basso di pazienti. In particolare, il loro metodo offre vantaggi nelle situazioni in cui non è più chiaro chi abbia infettato chi. Questo è attualmente il caso del nostro vicino Paese, l'Italia, e da qualche tempo anche della Cina.

L'analisi in tempo reale sarebbe possibile

Infine, il loro metodo permetterebbe di analizzare un'epidemia in tempo reale. Ciò consentirebbe alle autorità di monitorare e adattare continuamente l'efficacia delle misure di controllo. Il prerequisito per questo sarebbe che il genoma del virus delle persone appena infettate sia determinato da un regolare campionamento casuale. Tuttavia, attualmente non è stato pubblicato alcun dato di sequenza sui genomi dei virus di Wuhan.

Stadler e i suoi colleghi hanno messo la loro analisi a disposizione di altri scienziati sul portale specializzato "Virological". Tuttavia, i Lavorare all'ETH sottolineano che il loro lavoro non è stato sottoposto a revisione da parte di altri scienziati, come generalmente avviene nella ricerca. In una situazione attuale come questa, ciò richiederebbe troppo tempo. L'ETH sottolinea inoltre che la qualità della sua analisi può essere pari alla qualità e al numero dei dati genetici pubblicati. In questo studio sono state analizzate 93 sequenze di RNA, la maggior parte delle quali provenienti dalla Cina, mentre 38 provengono da altri Paesi. Stadler continuerà la sua analisi per ampliare i dati genomici pubblicati di recente.