"Nous avons réussi à échanger des données génétiques au-delà des frontières nationales"

Actualités ETH : Pourquoi est-il si important de réunir le plus grand nombre possible de données génétiques en un seul endroit ?
Gunnar R?tsch : Dans le cadre du projet international BRCA Challenge, nous avons rassemblé les informations sur les deux gènes BRCA1 et BRCA2. Il existe un nombre incroyable de variantes de ces deux gènes dans la population. Certaines indiquent qu'une femme a un risque normalement faible de développer un cancer du sein. D'autres variantes sont toutefois liées à un risque de cancer nettement plus élevé (voir encadré). C'est parce que de nombreuses variantes génétiques sont très rares qu'il est si important de disposer d'une vaste base de données. En effet, plus la base de données est complète, plus la probabilité est grande que nous trouvions, pour une personne présentant une variante génétique rare, d'autres personnes présentant la même variante et que des informations soient disponibles sur leur risque de cancer du sein. Ces informations sont importantes, par exemple pour conseiller les femmes dont la famille est souvent touchée par le cancer ou pour détecter précocement un risque accru de cancer.

Comment ce projet, initié par l'Alliance mondiale pour la génomique et la santé, a-t-il vu le jour ?
Nous avions réalisé, au sein de la communauté scientifique, qu'il existait dans de nombreux pays et de nombreuses institutions des jeux de données génomiques et médicales qui, pris isolément, étaient trop petits pour pouvoir décrire cliniquement des variantes génétiques rares, par exemple. La valeur de ces bases de données serait nettement plus élevée si on les réunissait. Cependant, il n'est pas si facile d'échanger des données par-delà les frontières des instituts et des pays. C'est l'une des raisons pour lesquelles la "Global Alliance for Genomics and Health" a été créée. Son objectif est de simplifier l'échange de données génomiques et médicales. D'une part, sur le plan technique, en définissant des normes de données communes, et d'autre part, en élaborant des bases juridiques et éthiques ainsi que des concepts pour un échange de données sécurisé. Le BRCA Challenge a été lancé il y a trois ans comme l'un des premiers projets pilotes de la Global Alliance, avec lesquels nous voulons démontrer la faisabilité et l'utilité de l'échange de données.

Pourquoi vous êtes-vous focalisé sur les deux gènes BRCA1 et BRCA2 ?
Ce sont des marqueurs génétiques très pertinents. De plus, ces gènes étaient sur toutes les lèvres lorsque nous avons eu l'idée de ce projet. L'actrice Angelina Jolie venait d'annoncer qu'elle s'était fait retirer les seins à titre préventif parce qu'elle était porteuse d'une variante du gène BRCA1 présentant un risque élevé de cancer du sein. Parallèlement, il existe une entreprise américaine, Myriad Genetics, qui a longtemps détenu un brevet sur les deux gènes du cancer du sein. L'entreprise commercialise un test génétique correspondant, en a longtemps eu le monopole et a gardé pour elle les données des patients ainsi obtenues. L'entreprise est quasiment per?ue comme un p?le opposé au reste de la communauté des chercheurs et a déjà mis en doute la pertinence des données disponibles publiquement. Cela nous a encore plus motivés : Nous voulions montrer qu'en combinant des données publiques, il était possible de produire des informations d'une qualité similaire.

Qu'avez-vous réalisé depuis le lancement du projet ?
Nous avons d'abord d? rassembler les informations des différentes bases de données sur une même plate-forme. Ces bases de données sont nées d'initiatives locales et n'étaient pas compatibles entre elles au départ. Sur la plateforme web page externe?change BRCA l'information combinée est désormais accessible facilement et de manière anonyme. Nous avons actuellement des informations sur plus de 20'000 variantes génétiques. Pour plus de 7 250 d'entre elles, nous disposons d'informations fiables sur leur pertinence clinique - qu'elles soient ou non liées au cancer. Dans le cadre de notre projet, nous avons également développé des algorithmes pour automatiser une telle classification des variantes.

Vos informations sont-elles désormais meilleures que celles de Myriad Genetics ?
C'est difficile à dire. La plupart des données de l'entreprise ne sont pas publiques, nous ne pouvons donc pas les comparer aux n?tres. Mais sur le principe, je pense que ce n'est qu'une question de temps avant que nous ayons plus de données et de meilleure qualité. Nos informations seront disponibles publiquement et gratuitement.

Des scientifiques de deux douzaines d'institutions dans le monde entier participent à ce projet. Quelle a été votre contribution et celle de l'ETH Zurich ?
J'ai participé au développement de cette idée dès le début. ? l'époque, je travaillais encore au Memorial Sloan Kettering Cancer Center à New York. Au cours des premières années, j'ai dirigé le groupe de développeurs de logiciels qui a créé la plateforme web BRCA Exchange. Deux collaborateurs de mon groupe font partie de l'équipe plus large de développeurs de logiciels. A l'ETH, nous avons en outre développé une page externeApplication pour smartphone,L'objectif est d'améliorer la qualité des données. Elle est particulièrement utile pour les médecins et les généticiens humains. Ils peuvent vérifier si la variante génétique d'une patiente est déjà connue et, le cas échéant, classée comme pathogène. Il est également possible de s'abonner à un service qui vous informe lorsque de nouvelles informations sont connues sur une variante donnée.

Quelle est la suite du projet ?
Il est prévu d'intégrer dans la plateforme des données provenant d'autres pays, afin de pouvoir classifier encore plus de variantes. Nous travaillons ici avec certains pays d'Amérique du Sud, d'Europe et d'Asie, qui peuvent apporter une contribution importante. On peut d'ores et déjà dire que le BRCA Challenge nous a permis de montrer avec succès comment l'échange international de données peut fonctionner. Nous, les humains, avons encore beaucoup plus de gènes liés à la maladie. C'est pourquoi nous considérons ce projet comme un modèle pouvant être appliqué à d'autres marqueurs génétiques.