Un plan pour mieux comprendre la pandémie

En tant que "conseillers-enquêteurs" médico-légaux à la Sherlock Holmes, les chercheurs soutiennent actuellement les gouvernements et les autorités sanitaires du monde entier. A l'aide de dizaines de milliers d'échantillons, des épidémiologistes comme Tanja Stadler, professeure à l'ETH Zurich, peuvent désormais suivre la propagation du SRAS-CoV-2 dans des zones où aucun suivi des contacts n'est autrement possible. Contrairement au célèbre personnage de roman, les scientifiques disposent aujourd'hui d'outils statistiques en temps réel qui leur permettent de décrypter le code génétique de différentes variantes du virus. "Comme chez l'homme, le code génétique des agents pathogènes fournit un blueprint contenant des informations sur le développement et l'origine d'un virus", explique Stadler, qui fait partie de la Swiss National COVID Science Task Force. "Cela nous permet d'étudier le type et l'origine possible de la souche virale qui se propage dans un pays, d'identifier de nouvelles variantes aux caractéristiques inédites et de déterminer leurs taux de reproduction, c'est-à-dire le nombre moyen d'infections secondaires par une personne infectée".

L'équipe de Stadler observe la propagation de nouvelles variantes en Suisse et replace les séquences dans un contexte international. Avant la découverte de la nouvelle variante B.1.1.7 au Royaume-Uni, les scientifiques ont utilisé les données génomiques issues des recherches de Stadler pour identifier une autre variante qui s'est répandue rapidement en Europe à l'été 2020. Après la première découverte dans une région rurale d'Espagne, quelques événements présentant un potentiel de superspreading ont permis à cette variante de se propager rapidement. Contrairement à B.1.1.7, la variante espagnole du virus ne semble pas être plus contagieuse que la souche initiale du virus. Cette variante s'est déclarée pendant la période des vacances d'été et s'est probablement propagée par l'intermédiaire de visiteurs étrangers qui sont revenus en Suisse, au Royaume-Uni et dans d'autres pays à la fin de leurs vacances.

Comme de nombreux autres virus, le SRAS-CoV-2 mute toutes les deux semaines. Les chercheurs n'ont pas encore pu déterminer à quelle vitesse le virus s'adapte au système immunitaire humain et si des vaccinations annuelles seront nécessaires à l'avenir. La difficulté vient également du fait que les métadonnées des patients et les données sur le séquen?age du génome ne sont pas reliées entre elles. C'est l'un des nombreux obstacles à une compréhension globale de l'évolution de la pandémie. Si ces informations pouvaient être reliées tout en protégeant les données des patients, les chercheurs pourraient, selon Stadler, mieux répondre à des questions importantes sur les nouveaux variants et leurs taux de transmission.

Au cours des 25 dernières années, certains des virus zoonotiques les plus mortels ont été transmis par les chauves-souris. Les chauves-souris vivent en colonies serrées, sont les seuls mammifères à pouvoir voler et sont donc souvent des h?tes intermédiaires lors de la transmission entre animaux (comme les chevaux, les porcs ou même les chameaux) ou transmettent directement le virus à l'homme. Comme l'explique le professeur Linfa Wang de la Duke-NUS Medical School, l'un des aspects les plus inquiétants du SRAS-CoV-2 est le fait que l'homme peut également transmettre le virus à d'autres espèces, comme cela a déjà été le cas avec les visons et d'autres animaux. Les animaux peuvent alors à leur tour transmettre des variantes mutantes à l'homme, ce que l'on appelle un "spillback".

Pour endiguer les futures pandémies virales, les experts et les chercheurs du monde entier veulent trouver la "bête X" et donc l'origine du SRAS-CoV-2. Alors qu'il semble évident de commencer les recherches à Wuhan, en Chine, le grand nombre de colonies de chauves-souris dans certaines parties de l'Asie du Sud-Est et de la Chine du Sud laisse supposer que des virus similaires circulent déjà depuis de nombreuses années parmi la population de ces régions. Des découvertes récentes ont désormais confirmé de telles hypothèses. Selon le professeur Wang, aucun virus similaire au SRAS n'est actuellement présent dans les colonies de chauves-souris d'Amérique du Nord. Toutefois, compte tenu d'un éventuel spillback, il se prononce en faveur d'une enquête sérologique. L'observation des changements dans les populations de chauves-souris pourrait être utilisée comme système d'alerte précoce pour les futures menaces de santé publique.

En mai 2020, 70 jours seulement après la première idée de Wang, lui et son équipe ont développé et breveté le premier test de détection des anticorps neutralisants pour le SRAS-CoV-2, qui a été admis par la Food and Drug Administration (FDA) américaine. Le test, connu sous le nom de cPass, détecte les anticorps neutralisants, ce qui pourrait contribuer à l'élaboration d'un "passeport immunitaire". En collaboration avec l'Organisation mondiale de la santé (OMS), Wang travaille désormais sur un protocole de surveillance mondial, une unité de mesure standard internationale et un test de détection des anticorps neutralisants. Ce sont peut-être ces réalisations héro?ques face à une pandémie internationale qui lui ont valu le titre officieux de "Batman de Singapour".

Les microbes sont bien plus anciens que l'homme et continueront probablement à exister longtemps après notre disparition. Et même si cela ne semble pas être le cas en pleine pandémie : "Dans la médecine moderne, nous avons - en grande partie - gagné la bataille contre les microbes", affirme le Dr Michael Osterholm, directeur du centre de recherche et de stratégie sur les maladies infectieuses à la haute école du Minnesota et membre du comité consultatif COVID-19 de l'équipe de transition du président américain Biden. Il a passé une grande partie de sa carrière à anticiper, tel un joueur d'échecs, le prochain développement évolutif des microbes et à élaborer des stratégies de santé publique pour lutter contre des menaces encore inimaginables.

Un plan directeur pour comprendre les développements pandémiques nécessite "une imagination créative, la capacité de prévoir l'impensable et d'élaborer un plan d'action public convaincant", explique Osterholm. En ce qui concerne la mortalité des soldats américains pendant la Première Guerre mondiale, il souligne que près de sept soldats américains sur huit ne sont pas morts au combat, mais de la grippe espagnole de 1918. Si l'on tient compte des connaissances historiques sur les pandémies et les épidémies de maladies comme le SRAS, le MERS et Ebola, Osterholm se demande pourquoi le monde a pu être pris de court par COVID-19 et semble incapable de comprendre l'ampleur des conséquences de la pandémie. Pourtant, la pandémie actuelle n'est très probablement "même pas la plus grande chose. D'autres pandémies de grippe, comme la grippe espagnole à l'époque, pourraient être encore plus dévastatrices que COVID-19".

Les maladies infectieuses révèlent les faiblesses des sociétés mondiales, des systèmes alimentaires aux inégalités démographiques. Comme l'explique Osterholm, il faudrait - selon les estimations de 2020 - environ 23 milliards de poulets et 678 millions de porcs pour nourrir les presque huit milliards d'habitants de la planète. Alors que les virus de la grippe aviaire n'infectent généralement pas les humains, ils peuvent être transmis aux porcs lorsque ceux-ci sont élevés à proximité immédiate de poulets. Les porcs peuvent être infectés par des virus d'origine humaine ou animale. Il y a alors un échange génétique et de nouvelles mutations apparaissent, qui peuvent être transmises à l'homme et éventuellement le tuer. Osterholm souligne que certains groupes ethniques et peuples indigènes sont touchés de manière disproportionnée pour d'innombrables raisons - dont beaucoup sont dues à la discrimination sociale, à l'inégalité ainsi qu'à la pauvreté.

Tanja Stadler, Linfa Wang et Michael Osterholm plaident pour un plan de mesures concertées au niveau international dans le cadre de la pandémie COVID-19. Selon Osterholm, il faut comprendre et savoir comment les mesures publiques de protection de la santé influencent la vie quotidienne dans le monde entier, car : "Les meilleures vaccinations et mesures du monde ne peuvent être efficaces que si nous obtenons le soutien et l'acceptation du public".